Fire Emblem Fates est le premier opus de la série à se séparer en plusieurs versions : Fire Emblem Fates : Conquête et Fire Emblem Fates : Héritage.
Selon la version que vous choisissez, vous vous allierez à une des deux nations et la difficultés sera différente. La campagne sera également différente d’une version à l’autre.
Héritage : Expérience et argent illimité tel Awakening. Pour les joueurs découvrant la série.
Conquête : Expérience et argent limité tel les anciens opus. Pour les joueurs avides de défi ou connaissant la série.
Malgré ce choix vous pouvez tout de même acheter l’autre en campagne sur l’eshop à prix réduit. Si vous achetez la version Conquête, vous pouvez acheter Héritage en DLC et inversement.
Une troisème et dernière version est également disponible : Fire Emblem Fates : Révélation. Disponible cette fois uniquement en DLC. Cette version vous permet de choisir ni Nohr, ni Hoshido. Vous avez la possibilité d’entraîner vos unités à l’infini comme dans Héritage, mais la difficulté est la même que celle de Conquête. Il est également conseillé de terminer Conquête et Héritage avant de jouer à Révélation.
Peu importe la version choisie, les 5 premiers chapitres seront similaires, le choix se faisant au chapitre 6.
Une édition spéciale(en quantité limité) a également vu le jour contenant dans une seule cartouche les 3 versions de Fates et un artbook.
Voici un tableau récapitulatif de toutes les versions :
| Version | Prix Conseillé | Détails |
| Fire Emblem Fates : Conquête | 45.99 € | Cartouche de la campagne Conquête |
| Fire Emblem Fates : Héritage | 45.99 € | Cartouche de la campagne Héritage |
| DLC : Conquête | 19.99 € | DLC de la campagne Conquête. Doit être lancé à partir de la cartouche Héritage |
| DLC : Héritage | 19.99 € | DLC de la campagne Héritage. Doit être lancé à partir de la cartouche Conquête |
| DLC : Révélation | 19.99 € | DLC de la campagne Révélation. Doit être lancé à partir de la cartouche Héritage ou Conquête |
| Fire Emblem Fates Edition Spéciale | 89.99 € | Cartouche de la campagne Conquête, Héritage et Révélation. Un artbook spécial |